Predicting MHC I restricted T cell epitopes in mice with NAP-CNB, a novel online tool.

Lack of a dedicated integrated pipeline for neoantigen discovery in mice hinders cancer immunotherapy research. Novel sequential approaches through recurrent neural networks can improve the accuracy of T-cell epitope binding affinity predictions in mice, and a simplified variant selection process can reduce operational requirements. We have developed a web server tool (NAP-CNB) for a full and automatic pipeline based on recurrent neural networks, to predict putative neoantigens from tumoral RNA sequencing reads. The developed software can estimate H-2 peptide ligands, with an AUC comparable or superior to state-of-the-art methods, directly from tumor samples. As a proof-of-concept, we used the B16 melanoma model to test the system's predictive capabilities, and we report its putative neoantigens. NAP-CNB web server is freely available at http://biocomp.cnb.csic.es/NeoantigensApp/ with scripts and datasets accessible through the download section.

Integrating biological data--the Distributed Annotation System.

BACKGROUND: The Distributed Annotation System (DAS) is a widely adopted protocol for dynamically integrating a wide range of biological data from geographically diverse sources. DAS continues to expand its applicability and evolve in response to new challenges facing integrative bioinformatics. RESULTS: Here we describe the various infrastructure components of DAS and present a new extended version of the DAS specification. Version 1.53E incorporates several recent developments, including its extension to serve new data types and an ontology for protein features. CONCLUSION: Our extensions to the DAS protocol have facilitated the integration of new data types, and our improvements to the existing DAS infrastructure have addressed recent challenges. The steadily increasing numbers of available data sources demonstrates further adoption of the DAS protocol.

Temas de la enfermedad por el virus de la inmunodeficiencia humana en la mujer

Coautores: Juan Abuin; Guillermina Arbelo; Marcelo Bases; Liliana Castro Zorrilla; Oscar Garcia Messina; Silvia Gonzalez Ayala; Maria Franchi; Vanesa Fridman; Carlos Leyria; Liliana Martinez Peralta; Humberto Metta; Mario Rodolfo xilia; Claudia Pazos; Norma Planes; Alejandro Basilio Olenchuk; Eduardo Ruzzuti; Roberto Sanchez Ibañez; Ricardo Ruben Sforza; Patricia Sorokin; Mario Valerga; Martin Viola

Temas de la enfermedad por el virus de la inmunodeficiencia humana en la mujer

Coautores: Juan Abuin; Guillermina Arbelo; Marcelo Bases; Liliana Castro Zorrilla; Oscar Garcia Messina; Silvia Gonzalez Ayala; Maria Franchi; Vanesa Fridman; Carlos Leyria; Liliana Martinez Peralta; Humberto Metta; Mario Rodolfo xilia; Claudia Pazos; Norma Planes; Alejandro Basilio Olenchuk; Eduardo Ruzzuti; Roberto Sanchez Ibañez; Ricardo Ruben Sforza; Patricia Sorokin; Mario Valerga; Martin Viola

Sarcoma de Kaposi pulmonar primario asociadoa a SIDA en un varon heterosexual drogadicto / Primary lung Kaposi sarcoma associated to AIDS in a heterosexual drug addict man

Se describe un caso de sarcoma de Kaposi (SK) pulmonar en ausencia de lesiones cutaneomucosas observado en un paciente con SIDA, a su vez varón heterosexual de 30 años de edad y con antecedentes de drogadicción por vía intravenosa. Tanto la radiografia como la tomografía computarizada de tórax mostraron un patrón nodular difuso en ambos pulmones, mientras que la endoscopía no revelaba lesiones endobronquiales. El examen citológico de muestra obtenida por punción pulmonar transtorácica fue compatible con SK pulmonar primario, que es neoplasia excepcional en varones heterosexuales drogadependientes con SIDA. Al año de establecido el diagnóstico de SK, el paciente falleció por insuficiencia respiratoria.

Sarcoma de Kaposi pulmonar primario asociadoa a SIDA en un varon heterosexual drogadicto / Primary lung Kaposi sarcoma associated to AIDS in a heterosexual drug addict man

Se describe un caso de sarcoma de Kaposi (SK) pulmonar en ausencia de lesiones cutaneomucosas observado en un paciente con SIDA, a su vez varón heterosexual de 30 años de edad y con antecedentes de drogadicción por vía intravenosa. Tanto la radiografia como la tomografía computarizada de tórax mostraron un patrón nodular difuso en ambos pulmones, mientras que la endoscopía no revelaba lesiones endobronquiales. El examen citológico de muestra obtenida por punción pulmonar transtorácica fue compatible con SK pulmonar primario, que es neoplasia excepcional en varones heterosexuales drogadependientes con SIDA. Al año de establecido el diagnóstico de SK, el paciente falleció por insuficiencia respiratoria. (AU)

Probable transmisión de HIV por contacto homosexual femenino / Probable HIV transmission by female homossexual contact

Here we report a case of HIV infection in a lesbian lacking other risk factors. She had sought advice for asthenia and unexplained weight loss. The physical examination disclosed oropharyngeal candidiasis and generalized lymphoadenopathies. The patient defined herself as an active sexual partner and denied having any heterosexual intercourse whatsoever. Particle agglutination test proved positive for anti-HIV, as well as two consecutive ELISA assays, confirmed by Western blot. Since there was no history of blood transfusions or intravenous drug addiction, it may be concluded that HIV transmission was most likely due to female homosexual practices.

Probable transmisión de HIV por contacto homosexual femenino / Probable HIV transmission by female homossexual contact

Here we report a case of HIV infection in a lesbian lacking other risk factors. She had sought advice for asthenia and unexplained weight loss. The physical examination disclosed oropharyngeal candidiasis and generalized lymphoadenopathies. The patient defined herself as an active sexual partner and denied having any heterosexual intercourse whatsoever. Particle agglutination test proved positive for anti-HIV, as well as two consecutive ELISA assays, confirmed by Western blot. Since there was no history of blood transfusions or intravenous drug addiction, it may be concluded that HIV transmission was most likely due to female homosexual practices.(AU)

Enfermedad por virus de inmunodeficiencia humana y tuberculosis en la mujer / Disease by human immunodeficiency virus and tuberculosis in the woman

Se estudiaron 45 mujeres con enfermedad por HIV y tuberculosis, entre los años 1985 y 1991, destacándose: 1. La edad más frecuente para la presentación de ambas enfermedades está entre los 15-29 años [68.9 por ciento] con media de 26.7 años y un rango de 15 a 48 años. 2. La enfermedad por HIV fue anterior al diagnóstico por tuberculosis en 25 pacientes, simultáneo en 2 pacientes y posterior en 18 pacientes. 3. Las localizaciones extrapulmonares, diseminadas y miliares pulmonares han sido muy frecuentes entre las formas clínicas de la tuberculosis con enfermedad por HIV. 4. Las pruebas tuberculínas suelen ser negativas [90 por ciento]. 5. Tuberculosis es una infección causada por un agente patógeno virulento motivo por el cual suele verse en pacientes con niveles de CD4 elevados. Cuando éstos declinan en el tiempo, el tipo de tuberculosis varía, aumentando las formas extrapulmonares y diseminadas. 6. Numerosas otras enfermedades asociadas a la inmunosupresión o no están presentes, determinando que el axioma "pérdida de la unidad etiológica" sea real. Más de 45 asociaciones morbosas fueron halladas en nuestra serie además de la doble por HIV y tuberculosis. 7. No hay tratamiento específico por el momento para la enfermedad por HIV, pero el uso de AZT en forma temprana puede mejorar la evolución y retrasar las complicaciones. 8. El tratamiento de la tuberculosis ha sido relativamente bien tolerado, pero cumplido con las dificultades por las características de las pacientes [especialmente de DAEV]. Se llegó a obtener mejoría en 15 enfermas, pero la mortalidad llegó a 40 por ciento siendo debidas a tuberculosis en 15,5 por ciento y a otras enfermedades en el 24,45 por ciento. 9. Sin embargo ambas enfermedades son prevenibles y diagnosticables siendo además la tuberculosis tratable y curable. Esto exige un reconocimiento temprano de las condiciones de riesgo y su diagnóstico. 10. Tuberculosis debe formar parte de la definición de SIDA como enfermedad marcadora de inmunodeficiencia, cualquiera sea su forma clínica y localización. 11. La diferencia fundamental entre la mujer y el hombre está dada por su responsabilidad en la procreación y mantenimiento del núcleo familiar... (TRUNCADO)(AU)

Enfermedad por virus de inmunodeficiencia humana y tuberculosis en la mujer / Disease by human immunodeficiency virus and tuberculosis in the woman

Se estudiaron 45 mujeres con enfermedad por HIV y tuberculosis, entre los años 1985 y 1991, destacándose: 1. La edad más frecuente para la presentación de ambas enfermedades está entre los 15-29 años [68.9 por ciento] con media de 26.7 años y un rango de 15 a 48 años. 2. La enfermedad por HIV fue anterior al diagnóstico por tuberculosis en 25 pacientes, simultáneo en 2 pacientes y posterior en 18 pacientes. 3. Las localizaciones extrapulmonares, diseminadas y miliares pulmonares han sido muy frecuentes entre las formas clínicas de la tuberculosis con enfermedad por HIV. 4. Las pruebas tuberculínas suelen ser negativas [90 por ciento]. 5. Tuberculosis es una infección causada por un agente patógeno virulento motivo por el cual suele verse en pacientes con niveles de CD4 elevados. Cuando éstos declinan en el tiempo, el tipo de tuberculosis varía, aumentando las formas extrapulmonares y diseminadas. 6. Numerosas otras enfermedades asociadas a la inmunosupresión o no están presentes, determinando que el axioma "pérdida de la unidad etiológica" sea real. Más de 45 asociaciones morbosas fueron halladas en nuestra serie además de la doble por HIV y tuberculosis. 7. No hay tratamiento específico por el momento para la enfermedad por HIV, pero el uso de AZT en forma temprana puede mejorar la evolución y retrasar las complicaciones. 8. El tratamiento de la tuberculosis ha sido relativamente bien tolerado, pero cumplido con las dificultades por las características de las pacientes [especialmente de DAEV]. Se llegó a obtener mejoría en 15 enfermas, pero la mortalidad llegó a 40 por ciento siendo debidas a tuberculosis en 15,5 por ciento y a otras enfermedades en el 24,45 por ciento. 9. Sin embargo ambas enfermedades son prevenibles y diagnosticables siendo además la tuberculosis tratable y curable. Esto exige un reconocimiento temprano de las condiciones de riesgo y su diagnóstico. 10. Tuberculosis debe formar parte de la definición de SIDA como enfermedad marcadora de inmunodeficiencia, cualquiera sea su forma clínica y localización. 11. La diferencia fundamental entre la mujer y el hombre está dada por su responsabilidad en la procreación y mantenimiento del núcleo familiar... (TRUNCADO)